El sustrato es un estrato que subyace a otro y sobre el cual está en condiciones de ejercer algún tipo de influencia. La noción de estrato, por otra parte, hace referencia a una capa o nivel de algo, o al conjunto de elementos que se integra con otros previos para la formación de una entidad.

Para la ecología, el sustrato es la parte del biotopo (área de condiciones ambientales uniformes) donde ciertos seres vivos desarrollan sus funciones vitales y se relacionan entre sí.

En la biología, el concepto de sustrato está vinculado a la superficie en la que vive un animal o una planta, que está formada tanto por factores bióticos como abióticos.

El sustrato también puede ser una especie química que está considerada como objeto de la acción de uno o más reactivos. Un compuesto transformado por la acción de un catalizador es un sustrato.

La bioquímica sostiene que un sustrato es una molécula sobre la actúa una enzima. Dicho de otra forma, las enzimas se encargan de catalizar las reacciones químicas que involucran a un sustrato. La unión entre la enzima y el sustrato forma un complejo.

El sustrato lingüístico, por último, se refiere a las influencias gramaticales, léxicas y fonéticas que una lengua ejerce sobre otra. Estas influencias son frecuentes cuando un pueblo es conquistado o invadido por otro y la lengua hablada originalmente en dicho lugar influye en la lengua que la sustituye. El fenómeno contrario se denomina como superestrato. El cambio fonético de la f a la h en el castellano está relacionado con el sustrato lingüístico.