La idea de casa de contratación se utilizaba en la antigüedad para nombrar al establecimiento cuya función era controlar el tránsito de mercancías en el Imperio español. Para cumplir con este objetivo, las casas de contratación se encargaban de llevar un registro de las transacciones comerciales.
Puede decirse que una casa de contratación era un edificio público que permitía la reunión de los comerciantes, quienes negociaban diferentes tratos. Estos establecimientos también eran conocidos como lonjas, cuya raíz etimológica se encuentra en el término franco laubja, que pasó al francés como loge (“cámara”) y luego al catalán como llonja.
La Lonja de Barcelona, cuya creación se remonta al siglo XIV, es una de las casas de contratación más antiguas de las que se tiene conocimiento. Zaragoza y Bilbao son otras ciudades que tuvieron importantes casas de contratación.
En 1503 surgió la Real Casa de la Contratación de Indias con sede en Sevilla, cuyo objetivo concreto fue la regulación del comercio entre España y las colonias americanas. Esta institución tenía el objetivo de promover la actividad comercial interoceánica en un marco legal.
La casa de contratación, de este modo, era el órgano de gobierno que administraba el tráfico con las llamadas Indias. Todas las mercancías que llegaban de América a España debían pasar por la Casa de Contratación de Sevilla y abonar el impuesto correspondiente. Tampoco era posible enviar mercancías desde España hacia América sin pasar por el establecimiento.
Con respecto a la fundación y las funciones de la Casa de la Contratación de Indias, debemos remontarnos al año 1493, cuando Cristóbal Colón viajó por segunda vez al continente americano; desde entonces, todos los asuntos relacionados con la «conquista del Nuevo Mundo» habían sido relegadas a Juan Rodríguez Fonseca, archidiácono de la catedral de Sevilla (también conocido con el nombre de arcediano, el archidiácono era el diácono más importante dentro de una catedral).
Rodríguez Fonseca era, a su vez, capellán y formaba parte del grupo de gente de confianza de la Reina Isabel I de Castilla, conocida como Isabel la Católica. Un tiempo después, lo promovieron a las sedes episcopales de Burgos, Palencia y Badajoz.
Luego de una década de haber sostenido esta organización para los asuntos relacionados con el Nuevo Mundo, se volvió muy evidente que todo este trabajo no podría seguir estando en manos de un solo individuo, y por eso decidieron dar paso a la creación de la primera casa de contratación.
Según el historiador Clarence H. Haring, aunque Rodríguez Fonseca perdió el poder absoluto sobre las cuestiones comerciales entre España y América, cuyo cargo se denominaba superintendente, se mantuvo en la corte llevando a cabo tareas propias de un Ministro, en este caso de las colonias, hasta que en el año 1524 se creó el Consejo de Indias, el órgano de la administración indiana con más importancia, dado que se ocupaba de asesorar al Rey en los ámbitos ejecutivo, legislativo y judicial.
Los documentos que han dejado constancia del proceso de creación de la casa de contratación datan del año 1502; de acuerdo con el trabajo de investigación de Ernesto Schaffër, un historiador de origen alemán muy reconocido, en un principio es probable que el surgimiento de este edificio haya sido promovido por Francisco Pinelo, un comerciante genovés que conocía en profundidad los asuntos indianos. Precisamente, Pinelo firmó junto con Isabel la Católica una Real Provisión en 1503 que aprobó una serie de Ordenanzas concernientes a la casa de contratación y otros temas relacionados.
A partir del surgimiento de los consulados, las casas de contratación comenzaron a perder importancia. Las ordenanzas y las disposiciones empezaron a ser dirigidas a estos consulados, mientras que los comerciantes crearon otro tipo de corporaciones para reunirse.